Au XVe siècle, les chantiers navals de la ville lançaient des felouques pour la flotte génoise, et vers 1850, lorsque le premier service de navires à vapeur relia Rapallo à Gênes, le front de mer s'est transformé d'un quai de travail en une promenade bordée d'hôtels Belle Époque dont les clients arrivaient par le train et repartaient en bateau. Aujourd'hui, la jetée du Lungomare Vittorio Veneto demeure le point d'embarquement pour les mêmes routes que ces premiers touristes ont tracées — vers l'est jusqu'à l'abbaye de San Fruttuoso, vers l'ouest jusqu'à la piazzetta de Portofino, ou vers le sud en direction des cinq villages des Cinque Terre — mais les navires sont des traghetti modernes exploités par des consortiums qui ont remplacé la voile par le diesel et les horaires imprimés par des réservations en temps réel.
Les départs des excursions en bateau à Rapallo ont lieu tous les jours de 09h00 à 17h00, un horaire calibré sur le rythme des marées et l'afflux des visiteurs d'un jour qui arrivent sur la ligne Gênes-La Spezia et marchent trois minutes depuis la gare jusqu'au front de mer. Les lignes de ferry se divisent en trois catégories : le court trajet vers Portofino (vingt minutes, avec un départ toutes les quatre-vingt-dix minutes), l'excursion intermédiaire vers San Fruttuoso (trente-cinq minutes, avec un retour facultatif par un sentier de montagne), et le long voyage vers Vernazza ou Monterosso dans les Cinque Terre (deux heures, proposé de mai à septembre lorsque les conditions de mer le permettent). Une excursion privée en bateau à Rapallo peut être affrétée depuis la même jetée, généralement un gozzo de six passagers piloté par un capitaine breveté, tandis que les départs des croisières au coucher du soleil à Rapallo à 18h30 longent la côte alors que les crêtes des Apennins virent à l'ocre. L'excursion en bateau Rapallo-Portofino est la route la plus fréquentée, transportant soixante mille passagers par an, pourtant l'excursion en bateau de Rapallo aux Cinque Terre demeure la plus photographiée, son sillage traçant la côte protégée par l'UNESCO devant des vignobles en terrasses qui plongent jusqu'à la ligne de marée.
La jetée elle-même est en accès libre, un quai en béton reconstruit en 1998 après que les tempêtes hivernales ont fracturé la maçonnerie originale des années 1920, désormais équipé d'aires d'attente couvertes et de panneaux de départ numériques qui alternent entre l'italien et l'anglais. Les guichets ouvrent à 08h45, bien que les réservations en ligne à l'avance via Traghetti Portofino et les opérateurs concurrents garantissent une place en juillet et août, lorsque les ferries atteignent souvent leur capacité dès 10h00. L'excursion en bateau de Rapallo à Portofino part du Pontile 2, le service pour les Cinque Terre du Pontile 1, et les charters privés du plus petit quai flottant à l'extrémité sud. La navigation suit la côte plutôt que les routes en eau libre — une exigence légale au sein de l'aire marine protégée de Portofino — de sorte que les passagers restent à moins de deux cents mètres du rivage, assez près pour compter les fenêtres des villas à flanc de falaise et marquer l'entrée des criques cachées accessibles uniquement par la mer. L'eau elle-même est d'une clarté transparente, atteignant une moyenne de vingt-deux mètres de visibilité en été, résultat d'un débit fluvial limité et du courant ligure au large qui renouvelle les eaux côtières deux fois par jour. Des bateaux-taxis et excursions à Rapallo opèrent à la demande depuis la même jetée, servant les clients de l'Hôtel Bristol ou de l'Excelsior qui préfèrent un transfert direct vers Santa Margherita ou Portofino sans les escales intermédiaires du ferry.
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